Mosaïque africaine du manioc en République Centrafricaine : épidémiologie, criblage et assainissement variétal

Le manioc constitue la première culture vivrière en République Centrafricaine (RCA) avec une production annuelle de 2.4 millions de tonnes de tubercules frais soit 600 mille tonnes de cossette. Cette culture vitale pour la sécurité alimentaire est confrontée à des baisses de rendement et à une flambée des prix sur le marché, notamment sous l'effet de la crise économique mondiale. Les objectifs de notre étude concernent (1) l'épidémiologie de la maladie de la mosaïque du manioc (CMD) en Centrafrique et la caractérisation moléculaire des agents pathogènes impliqués, (2) la réalisation d'un criblage variétal du germplasme de manioc centrafricain pour la résistance à la CMD, et (3) la mise au point d'une stratégie d'assainissement par thermo-hydrothérapie. La réalisation d'une enquête épidémiologique sur le territoire centrafricain a permis de révéler que la CMD représente la plus importante contrainte phytosanitaire de la culture de manioc, avec une distribution à l'échelle du pays, une incidence moyenne de 84% et une contamination issue principalement de l'utilisation de boutures virosées (79%) lors de la replantation des parcelles. L'analyse des 235 échantillons de feuille de manioc symptomatique prélevés au cours de l'enquête a permis jusqu'à présent de cloner et séquencer 124 ADN-A et 28 ADN-B de bégomovirus. L'analyse phylogénétique suggère l'occurrence de deux espèces virales : l'African cassava mosaic virus (ACMV) et le variant Ougandais de l'East African cassava mosaic virus (EACMV-UG). Les boutures de 154 cultivars de manioc ont été prélevées dans les localités enquêtées et mises en collection dans deux zones agro-climatiques : Pissa (zone de forêt) et Damara (zone de savane). Au bout de la première année de criblage variétal pour la résistance à la CMD en infestation libre, 36 et 18 cultivars, respectivement à Pissa et à Damara, ont manifesté une résistance à la CMD. Cette évaluation de la résistance associée au rendement en tubercule frais et aux qualités organoleptiques (goût, teneur en amidon et fibre) a permis de retenir 11 cultivars communs aux deux zones. Par ailleurs, l'estimation de la densité des populations d'aleurode vecteur par zone montre une corrélation positive avec l'incidence et la sévérité de la CMD. Le suivi en plein champ de l'état phytosanitaire de manioc issu de boutures virosées de manioc ayant subi un traitement au bain-marie montre que la thermo-hydrothérapie permet d'assainir au mieux 33% des boutures. Cependant, même si le virus n'est pas complètement éliminé par la chaleur, les plantes présentent une meilleure croissance et des rendements plus élevés que les plants issus de boutures virosées non traités. L'ensemble de cette enquête épidémiologique montre que la maladie la plus dommageable des cultures de manioc en Centrafrique est la CMD et qu'elle se propage principalement par boutures contaminées. Les solutions explorées dans cette étude à savoir le criblage variétal et l'assainissement des boutures ont donné des résultats encourageants. Elles nécessitent cependant d'être approfondies et améliorées, pour la mise en place urgente d'une stratégie de contrôle de la CMD en Centrafrique. (Texte intégral