A large est resource for Theobroma cacao including cDNAS isolated from various organs and under various biotic and abiotic stresses

Un projet international visant au séquençage d'une importante collection de 180 000 clones ADNc de cacao enrichis en pleine longueur, représentant des gènes exprimés dans T. cacao L. a été réalisé. Ces clones ont été isolés principalement à partir de deux génotypes, Scavina6 et ICS1, et à partir de différents organes avec et/ou sans traitement avec divers stress biotiques et abiotiques. Environ 45 bibliothèques d'ADNc ont été élaborées à partir d'une large gamme d'organes : fleurs (auto-pollinisées et avec pollinisation croisée), coussinets floraux, graines à différents stades de développement et durant la fermentation, cherelles, cortex de cabosse, pousses, bois, racines, graines germées et embryons de culture in vitro. Des bibliothèques ont également été construites à partir d'organes soumis à des stress biotiques : feuilles et cabosses inoculées avec #Phytophthora palmivora# et #megakarya#, tiges et cabosses inoculées avec #Crinipellis perniciosa#, cabosse inoculée avec #Moniliophthora roreri#, tige inoculée avec #Ceratocystis fimbriata#, cabosses inoculées avec des endophytes utilisés pour la lutte biologique, et tiges attaquées par des mirides. Des bibliothèques d'hybridations soustractives suppressives (SSH) ont aussi été généralement construites à partir de ces interactions avec des pathogènes végétaux pour faciliter l'identification ultérieure de gènes de résistance ou de défense exprimés dans le cacaoyer au cours d'infections par les pathogènes. Par ailleurs, deux bibliothèques SSH ont été réalisées pour les fleurs en utilisant les deux conditions à la fois comme sondes et comme pilotes. Des bibliothèques ont également été établies à partir de boutures dans des conditions de sécheresse. La construction et la gestion des bibliothèques d'ADNc, le "picking" et la réplication ont été réalisés avec l'aide de la plate-forme robotique, au sein du " GENOPOLE Languedoc-Roussillon ". Tous le travail de séquençage a été réalisé par le GENOSCOPE (Ivry), le Centre national français de séquençage. Pour stocker et exploiter efficacement les informations sur les gènes, un pipeline bioinformatique (ESTtik) a été utilisé, qui traite automatiquement les séquences, les assemble, les annote, et compile les résultats dans une base de données sur Internet, ce qui permet aux chercheurs de consulter les résultats et d'effectuer des requêtes. Après l'annotation et la comparaison des données des séquences de cacao avec la base de données internationale des séquences (NCBI), environ 68 % des séquences de cacao faisaient apparaître une similitude significative avec les séquences génétiques d'autres espèces. Ces comparaisons ont permis l'annotation de la fonction génétique de beaucoup des séquences, ainsi qu'une classification générale des séquences d'ADNc de cacao en fonction du système d'ontologie génétique. Cette nouvelle ressource de séquences EST de cacao rend possible l'identification de centaines de nouveaux marqueurs microsatellites et de milliers de SNP (Polymorphismes d'un seul nucléotide), de nouveaux marqueurs très efficaces, la recherche de gènes candidats de cacao homologues à des gènes spécifiques d'intérêt qui ont été caractérisées chez d'autres espèces (impliqués dans la résistance, la réaction de défense, la qualité...), et l'identification d'un vaste ensemble unigène convenant à l'analyse, par génomique fonctionnelle, des mécanismes moléculaires sous-tendant la résistance, la qualité ou d'autres caractères intéressants pour la sélection génétique du cacao. (Résumé d'auteur