Séquençage de trois nouvelles souches du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum : pangénome et génomique comparative

Le complexe d'espèce à Ralstonia solanacearum accueille des souches très diverses responsables du flétrissement de nombreuses espèces réparties dans plus de 50 familles botaniques, principalement en milieux tropical et intertropical. La dispersion de ces souches et leur gamme d'hôte en constante expansion posent problèmes, notamment pour un organisme de quarantaine en climat tempéré (Europe, USA). Parmi les principales espèces hôtes sensibles, on peut signaler des espèces vivrières et à fort potentiel économique (pomme de terre, tomate, banane, arachide). Ce complexe d'espèce est génétiquement structuré en 4 phylotypes, correspondant aux souches originaires de l'Asie (phyl. I), de continent américain (phyl. II), de l'Afrique (phyl. III) et de l'Indonésie (phyl. IV). Pour explorer cette diversité phylogénétique, trois nouvelles souches de R. solanacearum ont été séquencées: CFBP2957 (phyl. IIA), CMR15 (phyl. III) et PSIO7 (phyl. IV). L'annotation fonctionnelle a été réalisée avec la plateforme MaGe du Genoscope et les séquences annotées sont intégrées dans la base de données RalstoniaScope', avec des séquences publiques d'autres Ralstonia dont les souches GMI1000 (phyl. 1), Molk2 et IPO1609 (phyl. IIB) de R. solanacearum. L'analyse comparative, portant sur ces 6 génomes, montre qu'un grand nombre de caractéristiques sont partagées : taille des réplicons, pourcentage en G+C, nombre de gènes... Malgré de nombreux réarrangements du génome, 80% des gènes présentent une organisation synténique entre chaque souche. L'analyse des effecteurs de type III permet toutefois de caractériser les souches et de placer les résultats dans la perspective d'analyser la pathogénie. Deux plasmides additionnels (de 35 et 13kb) sont également décrits respectivement chez CMR15 et PSIO7. Ces nouvelles données nous permettent de développer aujourd'hui une puce à ADN pour des analyses de génomique comparative à grande échelle et à haut débit