Evolution des pararétrovirus endogènes de plantes : le cas des séquences intégrées du Banana streak virus chez le bananier (Musa sp.)

Le génome des bananiers (Musa sp.) contient de nombreuses séquences virales EPRV (Endogenous pararetrovirus) appartenant au Banana streak virus (BSV), bien qu'aucun virus de plante n'ait d'étapes d'intégration dans son cycle. Certains EPRV provenant du bananier M balbisiana sont infectieux car ils peuvent restituer des particules virales pathogènes en conditions de stress. La première partie de ce travail se focalise sur la biologie des EPRV. Nous avons tout d'abord analysé les caractéristiques moléculaires et génétiques des EPRV infectieux de l'espèce goldfinger du BSV (BSGFV) présents chez le bananier sauvage diploïde M balbisiana cv. PKW. Nous avons ensuite identifié l'allèle infectieux de l'EPRV BSGFV, et abordé les mécanismes moléculaires de son activation par recombinaison homologue. L'évolution des séquences intégrées a été étudiée dans une deuxième partie. Une analyse phylogénétique à large échelle et une comparaison de l'évolution moléculaire des virus libres et EPRV chez trois espèces de bananiers nous ont permis de préciser l'origine phylogénétique des EPRV et de montrer que 27 évènements d'intégration indépendants se sont produits récemment dans les espèces hôtes. Nous avons ensuite étudié l'histoire évolutive de deux EPRV infectieux précédemment étudiés (BSGFV et BSV espèce Imové - BSImV) par l'analyse de leur polymorphisme de structure et de leur distribution au sein du genre Musa. Les résultats sont analysés en relation avec la phylogénie moléculaire des bananiers construite dans cette thèse. La probabilité d'intégration de chaque espèce de BSV est très faible, et à la différence d'autres pathosystèmes possédant des EPRV, il n'y a pas de colonisation des génomes hôtes par duplication -des séquences virales une fois celles-ci intégrées. La forte diversité des EPRV chez le bananier s'explique plutôt par des évènements d'intégration indépendants de chacune des nombreuses espèces de virus libre. (Résumé d'auteur