Vers l'identification des gènes impliqués dans la pathogénie de Xanthomonas albilineans, l'agent causal de l'échaudure des feuilles de canne à sucre

De nombreux gènes impliqués ou potentiellement impliqués dans la pathogénie des bactéries phytopathogènes ont déjà été identifiés. Ces gènes codent pour différents systèmes protéiques de sécrétion, des exopolysaccharides, des facteurs de virulence, des toxines, des enzymes de dégradation de la paroi, des facteurs de mobilité cellulaire et de motilité, ou des facteurs d'adhésion. Contrairement à la plupart des bactéries phytopathogènes, aucun gène hrp ou avr n'a pu être mis en évidence chez Xanthomonas albilineans, l'agent causal de I'échaudure des feuilles de la canne à sucre. Cependant, cet agent pathogène produit une pathotoxine appelée albicidine qui est responsable des symptômes foliaires de la maladie. Récemment, tous les gènes impliqués dans la biosynthèse de I'albicidine chez la souche Xa23R1, originaire de Floride, ont été clonés et séquencés. La variation de ces gènes de biosynthèse n'a, cependant, pas pu être corrélée à une variation de pathogénie de X. albilineans. Au cours de notre étude, nous avons essayé d'identifier de nouveaux gènes impliqués dans la pathogénie de X. albilineans en utilisant différentes approches et 19 souches de l'agent pathogène variant dans leur capacité à coloniser la canne à sucre et à produire les symptômes de la maladie. La production d'albicidine in vitro a varié en fonction des souches de X. albilineans, mais elles avaient toutes le même profil RFLP (Polymorphisme de longueur des fragments de restriction) en utilisant les gènes de biosynthèse de I'albicidine comme sonde. De même, toutes les souches avaient le même profil génétique déterminé par électrophorèse en champ pulsé. En revanche, une variation entre souches a été mise en évidence par AFLP (Polymorphisme de longueur des fragments amplifiés) en utilisant 16 combinaisons d'amorces sélectives, après digestion de l'ADN génomique total avec Sacl and Mspl. Cependant, aucune relation entre cette variabilité génétique et la variabilité du pouvoir pathogène de X. albilineans n'a pu être identifiée. Quarante couples d'amorces ont ensuite été dessinés pour amplifier par PCR (Réaction en chaîne de la polymérase) 40 gènes impliqués dans la pathogénie d'espèces bactériennes proches de X. albilineans, et notamment X. campestris pv. campestris. Un seul gène, pilB, a pu être amplifié à partir de l'ADN génomique total de neuf souches de l'agent pathogène variant dans leur capacité à coloniser la canne à sucre et à produire les symptômes de la maladie en Guadeloupe. La séquence nucléotidique de ce gène était identique chez toutes les souches de X. albilineans et l'étude phylogénétique réalisée à l'aide de cette séquence a permis de confirmer l'appartenance de X. albilineans au genre Xanthomonas. L'absence de produit d'amplification avec 39 couples d'amorces suggère que les gènes impliqués dans la pathogénie de X. albilineans diffèrent de façon significative de ceux d'autres agents pathogènes proches. Le séquençage du génome complet de X. albilineans, qui est en cours au Génoscope à Evry, constitue une étape clé dans le décryptage de la pathogénie de cet agent pathogène de la canne à sucre. (Texte intégral