Etude de la taxonomie des Xanthomonas associées aux anacardiacées

La maladie des taches noires du manguier (Mangifera indica) est une maladie présente dans la plupart des régions de culture du manguier. Ces régions sont situées essentiellement en zones tropicales et sub-tropicales. De plus, une maladie du manguier touche également le continent américain, sous une forme phénotypiquement différente. C'est une maladie non systémique, qui atteint les parties aériennes de la plante. L'agent pathogène de cette maladie appartient au genre Xanthomonas. D'autres hôtes de la maladie sont connus parmi les Anacardiacées, tels que l'anacardier (Anacardium occidentale), le faux poivrier (Schinus terebinthifolius), le prunier de cythère (Spondias dulcis). Une maladie à Xanthomonas a aussi été décrite récemment chez le Pistachier (Pistacia vera). Autrefois appelée Xanthomonas campestris pv mangiferaeindicae, cette bactérie n'a pas été incluse dans la nouvelle classification des Xanthomonas. Dans un contexte où la définition de l'espèce est essentiellement basée sur des homologies ADN:ADN, technique opératoirement très lourde, et sur le séquençage du gène 16S rDNA, manquant de pouvoir discriminant chez le genre Xanthomonas, notre étude a pour objectif d'examiner la position taxonomique des Xanthomonas associés aux Anacardiacées. Les résultats obtenus par F-AFLP (Fluorescent-Amplified Fragment Length Polymorphism) et les séquences de plusieurs gènes de ménage seront comparés à des données issues d'hybridation ADN:ADN et de séquençage du gène du 16S rDNA. A partir des données AFLP et de séquençage, les arbres phylogénétiques construits suggèrent un positionnement taxonomique de Xanthomonas sp. pv mangiferaeindicae au sein de l'espèce axonopodis. Les souches isolées de manguier et de faux-poivrier sont génétiquement proches, confirmant ainsi ce qui a été démontré antérieurement. Elles présentent une forte similarité avec les souches du groupe 9.5 de l'espèce axonopodis. Les souches isolées au Brésil d'anacardier et de manguier font partie du groupe 9.6, ce qui indique une hétérogénéité du pv mangiferaeindicae tel qu'actuellement défini. Les souches isolées de Prunier de cythère semblent appartenir également à l'espèce axonopodis, sans pour autant se positionner clairement dans l'un des 6 groupes décrits dans cette espèce. Ces données sont à confirmer par des hybridations ADN:ADN. Nos données confirment la proximité relative des souches isolées de pistachier en Australie avec Xanthomonas translucens. Les hybridations ADN:ADN viendront là aussi valider ce positionnement. L'approche polyphasique développée, incluant la comparaison des données AFLP à celles de séquençage de gènes de ménage, aux techniques de référence en taxonomie qui sont les hybridations ADN/ADN, et séquençage de 16S rDNA permettent d'éclaircir le positionnement taxonomique des Xanthomonas isolées d'Anacardiacées. Des tests de pouvoir pathogène actuellement en cours vont permettre de revisiter la classification en pathovars des souches originaires de ces différents hôtes. (Texte intégral