Abscence de gènes nod chez certaines souches de Bradyrhizobium photosynthétiques révélée par l'analyse de la séquence de leurs génomes

Les Bradyrhizobium photosynthétiques ont la capacité originale de former des nodules aussi bien sur les racines que les tiges de certaines légumineuses aquatiques du genre Aeschynomene. Ils ont également la capacité de s'associer naturellement avec une non-légumineuse, le riz, par une association de type mutualisme bénéfique pour la croissance de la plante et l'épiaison. Deux groupes de spécificité d'hôtes au sein de ces bactéries ont été définis: un premier groupe capable de noduler l'ensemble des espèces d'Aeschynomene à nodulation caulinaire et un deuxième groupe dont la capacité de nodulation se limite à quelques espèces d'Aeschynomene. S'il a été possible d'identifier des gènes nod communs (nodABC) chez les souches du premier groupe, aucune approche n'avait permis, à ce jour, d'identifier ces gènes nod chez les souches du deuxième groupe. Un projet commun de séquençage du génome complet de 2 souches (ORS278 et Btail) appartenant à ce deuxième groupe a été initié en 2005. Ce projet est porté par une collaboration impliquant le Génoscope, le DOE Genome Institute, le LSTM, le laboratoire de Bioénergétique Céllulaire (CEA), the Microbial Ecology Laboratory (University of Minnesota), et the National Center for Soybean Technology (University of Missouri). L'analyse de la séquence de ces 2 génomes est en cours d'annotation manuelle, nous présenterons les principales caractéristiques originales retrouvées chez ces bactéries par rapport aux autres rhizobiums séquences. Tout particulièrement, il a pu être mis en évidence, de façon surprenante, l'absence de gènes nod communs chez ces 2 bactéries. Ce caractère totalement nouveau et inattendu suggère ainsi l'existence d'un mécanisme symbiotique jusqu'à présent inconnu chez les rhizobiums, pouvant impliquer la synthèse de molécules signal nouvelles pour initier la symbiose. Afin d'identifier les gènes impliqués dans cette association atypique, le criblage sur plante d'une banque de 10000 mutants obtenus par insertion aléatoire d'un transposon est en cours. Nous espérons ainsi pouvoir présenter des premières pistes permettant de comprendre ce nouveau mécanisme symbiotique. (Texte intégral