Création d'un code barre biologique pour assurer la traçabilité des produits aquatiques applications à la traçabilité des poissons : mise au point d'une analyse des ADN de la flore commensale de tilapia par PCR-DGGE. Projet phylogène

A l'heure actuelle la traçabilité est essentiellement documentaire et dans les pays émergents, il devient difficile d'instaurer un système fiable. Concernant la filière halieutique, l'Europe est l'un des premiers clients de l'Asie du Sud Est, notamment pour des poissons comme le Tilapia. Les importateurs de poissons doivent donc trouver de nouvelles solutions pour assurer leur traçabilité. Il existe un lien entre la flore commensale d'un produit aquatique et son biotope. L'étude des microorganismes pourrait permettre d'établir une cartographie des zone géographiques d'élevage. La DGGE est un procédé d'empreinte génétique qui sépare les séquences d'ADN double brin, de par leurs propriétés de fusion. Chaque bande électrophorétique représente une espèce donnée, le profil obtenu sera appelé "code barre biologique". Des essais sur des mélanges synthétiques de bactéries, nous ont permis de constater que le seuil de sensibilité était relativement élevé, puisque les bactéries étaient détectables jusqu'à 105 UFC/mL. De plus dans une flore complexe, si un microorganisme représente moins de 10% de la population totale, alors il se sera pas exprimé en DGGE. La "nested" PCR permet d'amplifier les ADN présents initialement, ce qui permet de descendre la limite de sensibilité de la DGGE à 103 UFC/mL. Sans culture cellulaire, l'extraction de l'ADN bactérien est réalisé directement à partir du poisson. Les essais de nested PCR sur la flore commensale de poisson et un gradient dénaturant 20%-50% ont permis d'obtenir des profils électrophorétiques plus complexes. Avec un traitement informatique, une banque de données pourra être réalisée, permettant de remonter à l'origine géographique. (Résumé d'auteur