Etude de la biologie et de la diversité du sugarcane bacilliform virus

Le Suggarcane bacilliform virus (SCBV) est un phytovirus à ADN double brin, du genre Badnavirus, dont la plante hôte est la canne à sucre. Trente six échantillons de canne à sucre provenant essentiellement de la collection CIRAD-CA de Guadeloupe, ont été testés par ISEM et/ou IC-PCR, afin de vérifier la présence ou l'absence du virus dans ces variétés. L'étude de sa diversité par l'analyse d'une région de 598 pb de l'ORF 3, a révélé une forte variabilité moléculaire inter-planta et intra-planta. En effet, les 7 groupes de SCBV mis en évidence par analyses phylogénétiques, partagent de 95% à seulement 57.9% d'identité protéique. La comparaison des séquences de SCBV, aux autres Badnavirus, souligne la proximité entre le SCBV et le Banana streak virus (BSV) avec 90% d'identité protéique entre certains de leurs isolats, suggérant qu'ils puissent appartenir à un seul et même groupe taxonomique. Par ailleurs, des séquences de SCBV intégrées dans le génome de plantes saines ont été recherchées à l'aide de trois méthodes différentes. L'amplification par PCR sur l'ADN total de la canne à sucre, à l'aide d'amorces polyvalentes Badnavirus, n'a pas permis de détecter ce type de séquences. Une hybridation de sondes virales représentatives de la diversité du SCBV a été faite sur un quart de la banque de clones BAC du cultivar R570, mais n'a pas révélé de séquences homologues. Enfin, l'hybridation de ces sondes virales par Southem Blot, sur différentes variétés de canne à sucre, a mis en évidence une bande de 5 Kb chez l'hybride sain X 01081. Il serait intéressant, à présent, de préciser la nature de ce signal et de tester de nouvelles sondes virales ainsi que de nouvelles variétés lors de futures hybridations. (Résumé d'auteur