Identification de QTL pour la résistance à la pourriture brune (Phytophthora)

La pourriture brune du cacaoyer est causée par plusieurs espèces de Phytophthora, parmi lesquelles P. palmivora présent partout, P. megakarya présent seulement en Afrique et P. capsici présent seulement en Amérique latine. Son contrôle chimique est coûteux et polluant. Le contrôle génétique de cette maladie est donc une solution alternative et aujourd'hui, de nombreux travaux sur l'amélioration de la résistance sont en cours. Une variabilité du niveau de résistance au champ a été mise en évidence et des tests d'inoculation artificielle ont permis de classer des clones suivant leur niveau de résistance. Les études génétiques montrent que la résistance observée au champ est de type polygénique avec une composante additive prédominante. Récemment, une nouvelle méthode d'évaluation précoce de la résistance par inoculation sur disques de feuille a été mise au point et une carte génétique saturée a été construite en utilisant des marqueurs moléculaires et enzymatiques. L'objectif de cette étude est de mieux connaître les bases du déterminisme génétique de la résistance à trois espèces de Phytophthora en localisant les différentes régions du génome impliquées dans le caractère de résistance (QTLs). L'étude a été réalisée sur une descendance créée en Côte d'Ivoire avec comme parent femelle un individu hybride de Scavina 6, sélectionné au champ pour son niveau élevé de résistance et comme parent male l'Amelonado IFC1 relativement sensible. Cent cinquante et un individus plein-frères ont été élevés en serre à Montpellier. Le niveau de résistance a été évalué par inoculation sur feuilles avec 2 isolats différents pour chacune des trois espèces, P. palmivora, P. megakarya et P. capsici. Des différences significatives du niveau de résistance ont été observées entre les individus pour les trois espèces. Dix groupes de liaison correspondant probablement aux dix chromosomes de T. cacao ont été identifiés avec 202 marqueurs. Ces loci correspondent à 191 marqueurs AFLP et à 11 microsatellites. La longueur totale de la carte atteint 724 cM et la distance moyenne entre marqueurs est de 3,6 cM. Des marqueurs QTLs ont été identifiés pour chaque isolat de Phytophthora. Au total 8 QTLs ont été détecté, 4 sur le chromosome 5 et un sur le chromosome 1, 2, 4 et 6. Pour P. palmivora, 6 QTLs sont significatifs et expliquent 57% de la variation pour un des isolats et 4 QTLs expliquent 35% de la variation pour l'autre isolat. Pour P. megakarya, 2 QTLs sont significatifs et expliquent 16,8% de la variation. Pour P. capsici, un seul QTL est significatif et explique 12,4% de la variation. Il y a deux QTLs significatifs qui sont communs à plus d'une espèce, mais il existe des QTLs spécifiques à un isolat d'une seule espèce. Cette étude révèle plusieurs zones du génome impliquées dans la résistance au Phytophthora. Le pourcentage élevé de la variance expliqué par ces QTLs permet d'envisager une sélection assistée par marqueur. (Résumé d'auteur