Relations entre espèces et habitats : de la théorie aux enjeux appliqués

The loss of biodiversity is largely acknowledged by the scientific community but also by the public and politicians. Most research on biodiversity loss is focused on climate change effects, and neglects the main factor of biodiversity loss: habitat destruction. The aim of this thesis is to study species-habitats relationships with a particular focus on the different components of these relationships. In a first part, the thesis deals with the history and the evolution of the concept of habitat in ecology. Particularly, it highlights a complex construction of this concept. For instance, the analysis shows a dichotomy around the definition of the concept of habitat with on one hand, a species-centered approach and on the other hand, a community-centered approach. These definitions are still used nowadays by the different actors of conservation, from scientists to politicians, but with different degrees of importance. Then, through the prism of landscape ecology, the thesis is interested in spatial scale issues via a study of arthropods species distribution in French landscapes. Results show that the spatial scales of species responses to landscapes measures are highly variable. This result holds true whatever the representation of landscape used in the analysis. However, theory would predict some consistencies in spatial scales of response, for example in relation to ecological traits of species. Hence, the spatial scale of relationship between a species and its landscape, which is considered as the scale of perception and interaction of the species with its environment, seems difficult to characterize using usual methodology developed in landscape ecology. Species-habitats relationships can be quantified using specialization measurement. In the next part of the thesis, we try to understand how specialist species are spread along a continuous gradient of habitat and in particular, the role of heterogeneous environments in driving observed patterns of specialization. In this theoretical context, the hypothesis of complementation, which states that particular species need some environmental heterogeneity to strive, cannot be verified. Even if some species prefer heterogeneous landscape, they cannot be classified as specialists. These species seems to be generalists that are excluded from more homogeneous landscape due to competition rather than real specialists that are more often found in these landscapes. These results shed a new light on rules of assemblage of species communities, particularly along a continuous gradient of habitat.Finally, in a last part, the importance of the concept of habitat in conservation public policies is studied. An evaluation of the “habitat” part of the European Habitats Directive is proposed. Different criteria, related to the application, construction, legitimacy and outcomes of the directive were used to evaluate the policy. Through some concrete examples and an extensive literature analysis, this work allows identifying important knowledge gaps in the directive that imped evaluation criteria. Results show a discrepancy between scientific aspects and their application in the directive, questioning the opportunity to use the habitat level to answer to conservation issues. To conclude, this thesis, focused on the concept of habitat, allows identifying important theoretical and applied knowledge gaps that imped a better understanding of species-habitats relationships. This work offers new perspectives and challenges the way we usually think, as scientists, these relationships.Le constat actuel d’une perte de biodiversité est largement partagé au sein de la communauté scientifique mais également auprès du public et du monde politique. L’attention portée depuis plus d’une décennie aux changements climatiques et à leurs effets sur la biodiversité a parfois conduit à négliger le principal facteur d’érosion de la biodiversité : la destruction des habitats. Le but de cette thèse est d’étudier les relations entre espèces et habitats avec un focus particulier sur différentes composantes de ces relations.La thèse aborde ainsi dans une première partie l’histoire et l’évolution du concept d’habitat en écologie et met en évidence une construction complexe de ce concept. Celle-ci montre par exemple une dichotomie autour de la définition du concept d’habitat avec une approche espèce-centrée d’un côté et une approche communauté-centrée de l’autre. Ces deux définitions se retrouvent aujourd’hui avec divers degrés d’importance dans leur utilisation selon les différents acteurs de la conservation, des scientifiques aux politiques. Ensuite, au travers du prisme de l’écologie du paysage, la thèse s’intéresse aux problématiques des échelles spatiales via une étude sur la distribution d’espèces d’arthropodes dans les paysages métropolitains. Les résultats mettent en évidence que les échelles spatiales de réponses des espèces aux mesures du paysage sont très variables et ceci indépendamment de la représentation choisie du paysage. La théorie prédirait pourtant une certaine cohérence en fonction par exemple de certains traits écologiques. Ainsi, l’échelle spatiale de relations des espèces avec le paysage, qui est considérée comme l’échelle de perception et d’interaction des espèces avec le paysage, semble difficile à caractériser en utilisant les méthodes habituellement appliquées en écologie des paysages. La relation entre espèces et habitats peut se quantifier via les mesures de spécialisation. Nous avons taché de comprendre comment les espèces dites spécialistes se répartissent le long d’un gradient continu d’habitat et en particulier le rôle des environnements hétérogènes dans ces patrons de spécialisations. Dans ce cadre théorique, l’hypothèse de complémentation, qui stipule que certaines espèces ont besoin d’une certaine hétérogénéité environnementale, n’a pas pu être vérifiée. En effet, même si certaines espèces présentent des affinités particulières pour ces milieux hétérogènes, elles n’en sont pas pour autant spécialistes. Ces espèces semblent plutôt des généralistes qui sont exclues des milieux plus homogènes où l’on retrouve plus fréquemment des espèces spécialistes, plus compétitives. Ces résultats permettent d’apporter un éclairage nouveau sur les règles d’assemblages des communautés d’espèces, en particulier le long d’un gradient continu d’habitat. Finalement, l’implication du concept d’habitat dans les politiques publiques de conservation a été étudiée en menant une évaluation du volet « habitat » de la Directive Habitats européenne. Différents critères, touchant autant à l’application qu’à la construction, à la légitimation et aux aboutissements de la directive en matière de conservation ont été utilisés pour cette évaluation. A travers des exemples concrets et l’analyse du corpus bibliographique, ce travail a permis identifier d’importantes lacunes de connaissances au sein de la directive qui entravent ces critères. Ce travail met finalement en évidence un découplage entre les aspects scientifiques et leurs applications dans la directive et questionne l’opportunité d’utiliser le niveau habitat pour répondre à des problématiques de conservation. En conclusion, ce travail de thèse, axé sur le concept d’habitat, a permis d’identifier certaines complexités, théoriques ou appliquées, qui peuvent entraver une meilleure compréhension des relations entre espèces et habitats et il offre des pistes pour mieux les appréhender et pousse ainsi à penser autrement ces relations