Valor pronóstico del análisis de marcadores moleculares mediante proteómica dirigida en cáncer de mama precoz con receptores hormonales positivos

Tesis doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Medicina, Departamento de Medicina. Fecha de lectura: 22-03-2018Introducción: El cáncer de mama (CM) es una enfermedad heterogénea a nivel molecular. La proteómica dirigida permite la investigación de potenciales biomarcadores, factores pronósticos, predictivos, diagnósticos y nuevas dianas terapéuticas en el cáncer de mama. En una serie inicial de pacientes (cohorte de descubrimiento) con CM, receptores hormonales positivos (RH +) y afectación ganglionar, se analizó en muestras de tejido fijado en formalina y embebido en parafina (FFEP) la expresión proteica mediante espectrometría de masas (label free shotgun). Se objetivaron dos subgrupos moleculares: Triple Negativo-like (TN-like) y ER-true, con distinta evolución clínica y que presentaban diferencias en proteínas relacionadas con la adhesión celular por lo que a este conjunto de proteínas diferenciadoras se le denominó “Firma de Adhesión” (FdA). Objetivo: Validar la existencia del subgrupo molecular denominado TN-like en una cohorte independiente de CM, para confirmar que la FdA define a un subtipo dentro del grupo luminal con características moleculares y clínicas similares al triple negativo. Material y Métodos: Estudio retrospectivo de una cohorte de pacientes con diagnóstico de CM, con RH + y afectación ganglionar. Se incluyeron 46 muestras de tejido FFEP. A su vez se analizaron 18 muestras de la cohorte de descubrimiento. Se realizó un análisis de proteómica dirigida vía monitorización de reacción selectiva (SRM). Resultados: SRM fue capaz de detectar diferencias entre el subgrupo TN-like y el ERTrue en las muestras de la serie de descubrimiento. Se realizó un predictor de clase con 14 proteínas para asignar a la cohorte de validación la categoría ER-True y TN-Like. El predictor de clase asignó el 34,7% (16) de las muestras al grupo ER-true y el 65,3% (30) al grupo TN-like en la cohorte de validación. El subgrupo TN-Like presenta mayor tamaño tumoral, mayor grado histológico y mayor porcentaje de metástasis a distancia y segundos tumores (77%). La supervivencia libre de enfermedad a distancia a los 5, 10 y 15 años fue del 93,73%, 87,05% y 67,70% y del 68,79%, 50,45% y 40,36% para los subgrupos ER-true y TN-like respectivamente, sin significación estadística (p=0,0777). Conclusión: La cuantificación de proteínas en muestras fijadas en formol y embebidas en parafina es posible mediante la técnica SRM. La “firma de adhesión” es capaz de identificar dos grupos de pacientes (ER-true y TN-like) con distintas características moleculares y evolución clínicaIntroduction: Breast cancer (BC) is a heterogeneous disease at the molecular level. Targeted proteomics allows the characterization of biomarkers with prognostic, diagnostic and predictive value, and new molecular targets for the treatment of breast cancer. In an initial cohort of patients with hormone-receptor positive (HR+) BC and lymph node involvement, protein expression was analyzed in formalin-fixed and paraffinembedded tissue samples (FFPE) by mass spectrometry (label free shotgun). Two molecular subgroups with different molecular characteristics and clinical evolution were observed (Triple Negative-like (TN-like) and ER-true). These groups differed in proteins related to cellular adhesion, so this set of proteins was named "Adhesion Signature" (FdA). Objective: To validate the existence of the molecular subgroup known as TN-like in a breast cancer independent cohort, to confirm that FdA defines a new subtype within the luminal group with molecular and clinical characteristics similar to the triple negative subtype. Material and Methods: A retrospective study of a cohort of BC patients diagnosed with, with HR + BC and showing lymph node involvement was performed. 46 FFPE tissue samples were included. Additionally, 18 samples from the discovery cohort were analyzed. A targeted proteomics analysis was carried out via selective reaction monitoring (SRM). Results: SRM detected differences at the protein expression level between the TN-like and the ER-true subgroups from the discovery cohort. A class predictor with 14 proteins was built to assign these categories in the validation cohort. The class predictor assigned 34.7% (16) to the ER-true group and 65.3% (30) to the TN-like group in the validation cohort. Tumors in the TN-Like subgroup had larger size, higher histological grade and higher percentage of metastatic spread and second tumors (77%), Disease-free survival rates at 5, 10 and 15 years were 93.73%, 87.05% and 67.70% for ER-true and 68.79%, 50.45% and 40.36% for TN-like tumors (p = 0.0777). Conclusion: SRM technique allows proteins quantification in FFPE samples. The "adhesion signature" identifies two groups of patients (ER-true and TN-like) with different molecular characteristics and clinical evolutio