Comparative genomic hybridization opens up new perspectives in the research of genetic changes underlying (pre-)malignant lesions of the gastrointestinal tract

L'hybridation génomique comparée (HGC) est une technique developpée récemment qui permet, en une seule analyse, la détection d'aberrations génétiques pour la totalité du génome de la tumeur sans nécessiter de culture cellulaire; elle peut s'appliquer à du matériel conservé pour archive. Elle procure une vision globale du gain ou de la perte d'ADN dans une tumeur en comparaison à de l'ADN contrôle. Les pertes peuvent correspondre à des gènes suppresseurs de tumeurs connus ou non et les gains à l'amplification d'oncogènes, les uns et les autres impliqués dans la pathogénèse du cancer colorectal. Au cours de cette procédure, l'ADN test obtenu à partir d'échantillons de tumeurs est marqué avec un fluorochrome vert et mélangé avec de l'ADN contrôle marqué en rouge et obtenu à partir de cellules avec un contenu chromosomique diploïde normal. Cette mixture est hybridée à des préparations métaphasiques normales. L'hybridation des séquences d'ADN test ou contrôle, qui rentrent en compétition lors de l'appariement, est reconnue grâce aux différents fluorochromes. Le ratio de fluorescence verte par rapport à rouge pour chaque région chromosomique, obtenu par analyse d'image digitale, est la mesure de la sous-ou sur-représentation de matériel génétique pour cette région de la tumeur étudiée. Comparée à d'autres techniques, l'HGC parvient à une information plus spécifique que, par exemple, l'analyse de l'ADN en cytométrie de flux, et à une meilleure vision globale des modifications génétiques au sein d'une tumeur qu'avec l'hybridation in situ ou l'analyse de perte d'hétérozygotie. Les applications de l'hybridation génomique comparative sont multiples, par exemple pour le criblage d'aberrations chromosomiques dans une large série de tumeurs destiné à identifier des loci chromosomiques qui renferment possiblement de nouveaux gènes suppresseurs de tumeurs ou de nouveaux oncogènes, pour l'analyse génétique des modifications au cours des stades successifs de la carcinogénèse, ou pour élucider les bases génétiques des caractéristiques cliniques et phénotypiques de certaines tumeurs