Génomique de l'adaptation de Globodera pallida aux résistances de la pomme de terre et conséquences sur les traits d'histoire de vie du nématode

Studying phenotypic and genomic modifications associated with pathogen adaptation to resistance is a crucial step to better understand and anticipate resistance breakdown. The cyst nematode Globodera pallida is an important pest of potato crops, for which a major resistance QTL, GpaVvrn, has been identified in Solanum vernei. However, the capability of G. pallida populations to adapt to this resistance in only few generations has been highlighted through experimental evolution. In this context, the purposes of this work were (1) to study the nematode life-history traits impacted by adaptation, in order to test for potential existence of a virulence cost, and (2) to identify genomic regions involved in adaptation, through an original approach combining experimental evolution and genome scans on virulent and avirulent lineages. Unexpectedly, we highlighted that adaptation to resistance from S. vernei leads to an increase of virulent individual’s fitness on susceptible host. We were also able to pinpoint candidate genomic regions to adaptation to host plant resistance, containing genes encoding effectors, and especially SPRYSECs, known in cyst nematodes to be involved in suppression of host defense but also in nematode virulence. These results will ultimately be useful in order to conceive sustainable strategies of use of potato resistant cultivarsL’étude des modifications phénotypiques et génomiques associées à l’adaptation des pathogènes aux résistances est une étape fondamentale pour mieux comprendre et anticiper le phénomène de contournement des résistances. Le nématode à kyste Globodera pallida est un important pathogène de la pomme de terre, vis-à-vis duquel un QTL majeur de résistance, GpaVvrn, a été identifié chez Solanum vernei. Cependant, la capacité des populations de G. pallida à s’adapter à cette résistance en quelques générations seulement a été mise en évidence par évolution expérimentale. Dans ce contexte, ce travail de thèse avait pour objectifs (1) d’étudier les traits d’histoire de vie du nématode impactés par l’adaptation, afin de tester l’existence éventuelle d’un coût de virulence, et (2) d’identifier les régions génomiques impliquées dans l’adaptation, par une approche originale combinant évolution expérimentale et scans génomiques sur des lignées virulentes et avirulentes. Contre toute attente, nous avons montré que l’adaptation à la résistance issue de S. vernei entraînait une augmentation de la fitness des individus virulents sur hôte sensible. Nous avons également pu identifier des régions génomiques candidates à l’adaptation à la résistance de la plante hôte, contenant des gènes codant pour des effecteurs, et notamment des SPRYSECs, connus chez les nématodes à kyste pour être impliqués dans la suppression des défenses des plantes mais aussi dans la virulence du nématode. À terme, ces résultats s’avéreront utiles pour la conception de stratégies durables de déploiement de variétés de pommes de terre résistantes