The role of wild leporids as reservoirs of infectious agents

Tese de doutoramento em Ciências Veterinárias, apresentada à Universidade de Évora, 2017.Orientadora Líbia Zé-Zé e coorientadora Isabel Lopes de Carvalho, Centro de Estudos de Vetores e Doenças Infeciosas (CEVDI), Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, Águas de Moura, Portugal.Acesso em conformidade com o repositório da UE.The European wild rabbit (Oryctolagus cuniculus) and the Iberian hare (Lepus granatensis), are keystones species in various ecosystems of the Iberian Peninsula and on the local game-based economy. This thesis aimed to investigate the rabbit haemorrhagic disease virus 2 (RHDV2), detected in Portugal in 2012 and currently disseminated in the continent and autonomous regions (Azores, Madeira, Berlengas). Given its alarming impact in the wild rabbit populations, the Portuguese Government has recently activated a plan aiming the control of the disease (Despatch 4757/2017 of May 31st). A second objective of this thesis was the epidemiological surveillance of Francisella tularensis zoonotic vector-borne pathogenic bacterium, with potential impact on Human Health. The Iberian hare is considered reservoir and potential sentinel species for this pathogen. Several methodologies were used to carry out the studies presented in this work, including basic pathology, microbiology and molecular methods. Data analysis involved the resource to phylogenetic inference, statistical programs and bioformatics (e.g. R software). This work enabled the development and validation of the first molecular diagnostic method for RHDV2, currently figuring in the OIE manual, and allowed insights into to the virus dynamic evolution in different epidemiologic and geographic contexts, widening the comprehension of RHDV2 phylogenetic relations among the strains that circulate in Portugal from 2012 until 2017. This study also made possible to ascertain the tularaemia epidemiologic situation in Portugal, confirming the role of wild leporids as reservoirs for the agent and enabling preliminary conclusions on Public Health risk in the country. Moreover, this work allowed confirming ticks as the main vectors for Francisella tularensis in Portugal. Globally, this work contributed to the state-of-the-art of both infections and produced relevant information that can be used to adjust the medical and sanitary prophylactic measures of both diseases to the present reality.Os leporídeos silvestres coelho-bravo (Oryctolagus cuniculus) e lebre ibérica (Lepus granatensis), são determinantes no equilíbrio de vários ecossistemas na Península Ibérica e, simultaneamente, espécies cinegéticas de relevante importância económica. Esta tese visou investigar o vírus da doença hemorrágica dos coelhos de tipo 2 (RHDV2), detetado em Portugal desde 2012 e atualmente disseminado no continente e arquipélagos (Açores, Madeira, Berlengas). Dado o impacto alarmante nas populações de coelho-bravo, o Governo Português ativou recentemente um plano para controlo da doença (Despacho 4757/2017 de 31 de Maio). Um segundo objetivo desta tese consistiu na epidemiovigilância da Francisella tularensis, uma bactéria patogénica zoonótica transmitida por vetores, com potencial impacto em Saúde Pública. A lebre ibérica é seu reservatório e potencial espécie sentinela. Os estudos apresentados nesta tese envolveram a utilização de metodologias clássicas de patologia, microbiologia e moleculares. Para a análise de dados produzidos recorremos, entre outros, a inferências filogenéticas, e a programas de análise estatística e bioformática (eg R software). Este trabalho permitiu o desenvolvimento e validação do primeiro método molecular de diagnóstico para RHDV2, presentemente adotado pelo manual da OIE, e contribuiu para uma compreensão da dinâmica de evolução do vírus em cenários epidemiológicos e geográficos distintos, alargando o conhecimento das relações filogenéticas entre as estirpes que circularam em Portugal entre 2012 e 2017. No que diz respeito à tularémia, este estudo permitiu aferir a situação epidemiológica da doença em Portugal, confirmando o papel dos leporideos silvestres como reservatório e possibilitando conclusões preliminares sobre o risco desta zoonose para a Saúde pública no país. Adicionalmente, permitiu confirmar que os ixodídeos são o principal vetor de F. tularensis em Portugal. Globalmente, este trabalho contribuiu para o estado-da-arte das duas infeções, e disponibilizou informação relevante para adequar o diagnóstico e a profilaxia sanitária e médica destas duas doenças à realidade atualN/