Análise da alteração no número de cópias e expressão dos genes ACHE, EPHB4, BCHE e MME, em pacientes com câncer de mama esporádico

Orientador : Prof. Dr. Ricardo Lehtonen Rodrigues de SouzaCo-orientadora : Profª Drª Lupe Furtado AlleTese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 27/02/2013Inclui referênciasÁrea de concentração : GenéticaResumo: Alterações na estrutura e na expressão de alguns genes são eventos comuns na formação e progressão de diversos tumores e possuem relevância na busca por marcadores de neoplasia ou ainda para a classificação e caracterização molecular de tumores. Existem na literatura alguns relatos de que as regiões onde estão localizados os genes ACHE e EPHB4 (7q22) e os genes BCHE e MME (3q26) apresentam amplificações e deleções em diversos tipos de câncer. Além disso, os produtos desses genes têm sido descritos com alterações no nível de expressão nessa doença. Com o objetivo de verificar se esses genes estão sofrendo alterações no número de cópias, analisamos 32 amostras de DNA do tumor e do sangue periférico de pacientes de câncer de mama, usando a técnica de qPCR e quantificando pelo método da curva padrão. Os genes ACHE e EPHB4 apresentaram uma tendência a estar amplificado (62,5% vs. 37,5%; p . 0,1; e 53,13% vs. 46,88%; p . 0,5; respectivamente) e os genes BCHE e MME uma tendência a estarem deletados (56,25% vs. 43,75% em ambos; p . 0,5). Essas alterações obtidas nos conjuntos de genes localizados proximamente (ACHE-EPHB4 e BCHE-MME) mostraram correlação (rs 0.5948; p = 0.0004; rs = 0.3581; p = 0.0478 respectivamente), indicando uma concordância na alteração da estrutura dessas regiões cromossômicas . Adicionalmente avaliamos a expressão relativa desses genes em 45 amostras de carcinoma mamário e em 8 amostras de tecido normal. Essa análise foi feita por RT-qPCR utilizando o método do Ct comparativo (2-..Ct). Observou-se que a expressão dos genes BCHE e MME encontra-se baixa em quase todas as amostras tumorais (95,6%), no entanto, os genes ACHE e EPHB4 não apresentam diferença no número de amostras com maior e menor expressão em tumores. A média de expressão de BCHE e MME é significativamente maior no tecido normal do que no tumoral (Z = -3,702; p < 0,001 e Z = -4,120; p < 0,001, respectivamente). Para os genes ACHE e EPHB4 essa diferença não é observada (Z = -0,870; p = 0,385 e Z = -0,025; p = 0,98, respectivamente). Correlacionou-se as alterações no número de cópias com os níveis de expressão relativa e verificou-se que não existe relação direta entre esses dois fatores para os genes estudados. Também não foi encontrado nenhuma relação dessas alterações com os parâmetros histopatológicos de cada paciente. Como conclusão, nota-se que não há uma relação causal direta dessa alteração do número de cópias com o desenvolvimento do tumor, podendo ser esta uma consequência do processo neoplásico, e que de alguma forma torna-se vantajoso para a progressão da doença. Além disso, pode-se observar também que o perfil de baixa expressão dos genes BCHE e MME é um comportamento característico desses genes no tecido tumoral, e por não ter relação direta com a tendência à deleção, propõe-se que possa ser regulada por algum outro fator, provavelmente algum evento epigenético. Já o perfil de expressão semelhante dos genes ACHE e EPHB4 nos dois tecidos nos permite sugerir que o padrão de expressão obtido para esses genes pode ser um evento comum na mama, parecendo não ser influenciado pelo processo de carcinogênese. Palavras-chave: alteração do número de cópias, expressão gênica relativa, câncer de mama, região 7q22, região 3q26.Abstract: Changes in the structure and expression of some genes are common events in the formation and progression of several tumors and have relevance in the search for neoplasia markers or for the molecular characterization and classification of tumors. The regions where the ACHE and EPHB4 (7q22) and BCHE e MME (3q26) genes are mapping has been reported suffering amplifications and deletions in several types of cancer. And the products of these genes are described as showing changes in the level of expression in this disease. Aiming to verify whether these genes are undergoing copy number variation, we analyzed 32 samples of DNA from tumor and peripheral blood of breast cancer patients, using the qPCR technique and quantify by standard curve method. The ACHE and EPHB4 genes tended to be amplified (62,5% vs. 37,5%; p . 0,1; e 53,13% vs. 46,88%; p . 0,5; respectively) and BCHE and MME genes a tendency to be deleted (56,25% vs. 43,75% both; p . 0,5). Sets of genes close (ACHE-EPHB4 and BCHE-MME) showed that their variations are correlated (rs 0.5948; p = 0.0004; s = 0.3581; p = 0.0478 respectively). Further, assess the relative expression of these genes in 45 breast carcinoma samples and 8 of normal tissue. This analysis was performed by RT-qPCR using the comparative Ct method (2-..Ct). The expression of BCHE and MME genes is lower in almost every tumor samples (95,6%) and the ACHE and EPHB4 genes have no difference to the amount of overexpression and lowexpression samples in this tissue. The mean expression of BCHE and MME is significantly higher in normal tissue than (Z = -3,702; p < 0,001 e Z = -4,120; p < 0,001, respectively). To the ACHE and EPHB4 genes this difference does not exist (Z = -0,870; p = 0,385 e Z = -0,025; p = 0,98, respectively). Correlated the copy number variation to relative expression levels, however find that there is no direct relationship between these two factors for the genes studied. Found no relation of these alterations with histopathological parameters of each patient. It is possible to suggest that the low expression profile of BCHE and MME genes is a characteristic behavior in tumor tissue and having failed to direct relation with the tendency to deletion, it is proposed that this differential expression may be regulated by some other factor probably epigenetic. The same expression profile of the ACHE and EPHB4 genes in both tissues, as well as the fact that the amount of transcript overexpressed and lowexpressed be equal in breast carcinoma, allows us suggest that the expression pattern obtained for these genes may be a common event in breast, seems not to be influenced by the process of carcinogenesis Keywords: copy number variation, relative gene expression, breast cancer, 7q22 region, 3q26 region