Intra and inter-host genic diversity of feline coronavirus in systemic and enteric viral populations

O coronavírus felino (FCoV) ocorre sob uma grande diversidade gênica de amostras e é classificado em dois patotipos: o coronavírus felino entérico (FECoV) e o vírus da peritonite infecciosa felina (FIPV). O patotipo FIPV é altamente virulento e responsável pelo desenvolvimento de uma doença altamente fatal, denominada de peritonite infecciosa felina (PIF). Já o FECoV apresenta-se amplamente disseminado na população felina e é responsável na maioria das vezes por infecção assintomática. Atualmente, nenhum marcador gênico conhecido é capaz de diferenciar os patotipos FECoV de FIPV. O presente estudo foi dividido em dois capítulos. No primeiro capítulo, objetivou-se avaliar a diversidade molecular do gene da membrana (M) em 190 amostras provenientes de 5 gatos sem manifestações de PIF (PIF-) e de 10 gatos com manifestações clínicas e histopatológicas de PIF (PIF+). Com esse estudo, conclui-se que tanto a hipótese de mutação in vivo do FECoV para FIPV, quanto a hipótese de transmissão entre gatos do patotipo FIPV são plausíveis. No segundo capítulo, com o objetivo de avaliar a diversidade dos genes 3a-c, E e M foram sequenciados clones de amplicons para estes genes obtidos, de 6 gatos PIF+ e 2 gatos PIF-. Os genes 3a-c, E e M apresentaram diversidade gênica que confere a constituição das quasiespécies de coronavírus felino com probabilidade de emergência do patotipo de alta virulência, mas de um modo hospedeiro-específico. Com o segundo estudo, conclui-se que as linhagens FIPV de coronavírus felino apresentaram a proteína 3c truncada, sendo o gene 3c o único marcador de patotipo dos FCoVs observado dentre os genes estudados.Feline coronavirus (FCoV) occurs as a large genic diversity of strains and is classified as two pathotypes: feline enteric coronavirus (FECoV) and feline infectious peritonitis virus (FIPV). The FIPV pathotype is highly virulent and responsible for the onset of a highly fatal disease named feline infectious peritonitis (FIP), while the FECoV pathotype is widely disseminated in feline populations leading mostly to asymptomatic infections. No genic marker is currently known to differentiate the FECoV and FIPV pathotypes. This study has been divided in two chapters. In the first chapter, the aim was to evaluate the molecular diversity of the membrane (M) gene in 190 samples from 5 cats without FIP (FIP-) and 10 cats with clinical and histopathological evidence of FIP (FIP+). The conclusion of this study is that both the in vivo mutation hypothesis in the FECoV-to-FIP direction and the hypothesis of FIPV transmission amongst cats are plausible. In the second chapter, aimed to evaluate the diversity of genes 3a-c, E and M, clones of amplicons for these genes were obtained and sequenced from samples from six FIP+ and 2 FIP- cats. Genes 3a-c, E and M show a genic diversity that results in a quasispecies constitution of FCoV that leads to the probability of the emergence of the highly virulent pathotype in a host-specific way. The conclusion of this second study is that FIPV lineages show a truncated form of the 3C protein, making the 3c gene the only pathotype marker for FCoV observed amongst the genes studied herein