Hepatitis C Virus (HCV) infection: molecular study of immune response mediators

MENDES, Pedro Miguel Batista - Hepatitis C Virus (HCV) infection: molecular study of immune response mediators. Coimbra : [s.n.], 2016. Dissertação de Mestrado,Hepatitis C is a worldwide disease that targets over 150 million people. The cause of this global issue is the hepatitis C virus (HCV) and once the infection takes place, in most cases, it evolves into a chronic infection which can lead to major liver problems like cihrrosis and hepatocellular carcinoma. The virus main strength lies in its high genetic variability and its ability to trick and avoid the host´s immune response mechanisms. This makes effective treatment very difficult to accomplish. The standard therapy available consistes in a combination of pegylated interferon alpha (pegIFN-α) and ribavirin (RBV) and its success rates are variable. Many stratagies for the development of a vaccine are being studied but a definite and reliable vaccine is yet to be accomplished. Some newly developed strategies consisting in direct acting antivirals have been used with the standard therapy with increased success rates. However, this is still an expensive approach to fight HCV infections. This whole treatment process can be very demanding for the patients, both physicaly and financially, so if the response of the standard treatment could be predicted, then the patients could be given a more adequate and personal treatment with higher chance of success and less stress for both patients and hospitals. This thesis´ work revolves around some appects of viral and human genetics that can be used for predicting patients´ response to pegIFN-α and RBV. The main objectives focus on (i) studying the genetic expression of some mediators of the human immune response before the beginning of treatment, (ii) studying the viral genetic variability at the 5´UTR and NS3 levels and (iii) analysing the patients´ HLA typing in contest of the treatment outcome to determine possible genetic predisposition. Regarding the genetic expression, the genetic profiles are variable as some matched what was expected, i.e. the case of IFN stimulated genes being more expressed in patients who did not respond to treatment, before it begins, while others did not. Although some genetic variability was detected among the 5´UTR amplified regions, the lack of data was an impediment for a complete comparision with treatment outcomes. Regarding HLA typing, although interesting, did not allow for a significant correlation with the response to infection.Hepatitis C Virus (HCV) – Molecular Study of the Immune Response MediatorsHepatite C é uma doença a nível global que afecta mais de 150 milhões de pessoas. A causa para este problema global é o vírus da hepatite C (VHC) e na maior parte dos casos, quando a infecção se desencadeia esta desenvolve-se numa infecção crónica que pode levar a problemas de fígado graves, como cirrose ou carcinoma hepatocelular. A principal vantagem que o vírus apresenta é a sua elevada variabilidade genética e a sua capacidade de evitar os mecanismos de resposta imune do hospedeiro. Isto torna o desenvolvimento de um tratamento eficaz muito difícil de se conseguir. A terapia padrão disponível consiste numa combinação entre interferão alfa peguilado (pegIFN-α) e ribavirina (RBV) e apresenta taxas vaiáveis de sucesso. Têm sido estudadas várias estratégias para o desenvolvimento de uma vacina, contudo ainda se está por conseguir uma vacina eficaz e definitiva. Algumas estratégias mais recentes consistem na utilização de antivirais de acção directa juntamente com o tratamento padrão e que elevam as taxas de sucesso. Contudo, esta é ainda uma alternativa cara de combate à infecção por VHC. Todo este procedimento pode ser muito desgastante, quer fisicamente como financeiramente, para os pacientes, por isso se a sua resposta à terapia padão pudesse ser antecipada, poder-se-ia apresentar aos doentes um programa de tratamento mais adequado, eficaz e com menos desgaste tanto para doentes com hospitais. O trabalho desta tese revolve em torno de alguns aspectos de genética humana e viral que podem ser predicativos da resposta ao pegIFN-α e RBV. Os princiais objectivos focam-se em (i) estudar a expressão genética de alguns mediadores de resposta imune antes de se iniciar tratamento, (ii) estudar a variabilidade genética do VHC ao nível da 5´ UTR e NS3 e (iii) analisar a tipagem HLA dos pacientes no contexto do tipo de resposta ao tratamento e determinar uma possível predisposição genética. Na análise da expressão genética, os perfis observados são variáveis uma vez que alguns foram observados de acordo com o esperado, como é o caso dos genes estimulados por interferão que foram expressados num nível mais elevado, antes do tratamento, em pacientes que não responderam ao mesmo, enquanto outros não seHepatitis C Virus (HCV) – Molecular Study of the Immune Response Mediators 21 apresentaram da mesma forma. Apesar de terem sido dtectada alguma variabilidade genética entre as regiões amplificadas de 5´UTR, a falta de informação não permitiu uma correlação com o resultado do tratamento da infecção. No que respeita à tipagem HLA, apesar de interessante não permitiu uma correlação significativa com a resposta à infecção