Etude de la flore bactérienne de steacks tartares prélevés en boucherie, sandwicherie et restaurant par analyse métagénomique ciblée sur l’ADN ribosomial 16S.

Etude de la flore bactérienne de steacks tartares prélevés en boucheries, sandwicheries et restaurants par analyse métagénomique ciblée sur l’ADN ribosomial 16S. Taminiau B.1, Delhalle L 2, Nezer C.2, Daube G 1 1 Université de Liège, Faculté de Médecine Vétérinaire, Département des Sciences des Denrées Alimentaires ; Sart Tilman B43 Bis, 4000 Liège, Belgique ; T+32 (0)4 366 40 29 / F+32 (0)4 366 40 44 2 Quality Partner sa, 62 Rue Hayeneux, 4040 Herstal, Belgique ; T+32 (0)4 240 75 00 / F+32 (0)4 240 75 10 Bernard.taminiau@ulg.ac.be Le steak tartare est une préparation à base de viande hachée de boeuf crue assaisonnée et souvent additionnée de condiments. Cette préparation est souvent accompagnée de frites ou étalée dans un sandwich. L’utilisation de viande crue et la composition de cet aliment rend cette préparation très sensible à l’altération d’origine bactérienne. Une meilleure compréhension de la flore bactérienne composant ce produit est indispensable pour contrôler et comprendre les phénomènes d'altération. L'analyse métagénomique ciblée a permis de caractériser les populations bactériennes de plusieurs échantillons de steak tartare achetés dans deux boucheries, deux sandwicheries et deux restaurants et analysés le jour-même. Une analyse classique microbiologique a été réalisée en parallèle. L'analyse métagénomique a été ciblée sur deux régions différentes de l'ADNr 16S bactérien (V&-V3 et V5-V6), afin de comparer l'efficacité d'identification des bactéries présentes. L’analyse métagénomique a permis de collecter un total de 60.500 séquences pour les 6 échantillons analysés par les deux approches et 356 espèces bactériennes différentes ont pu être identifiées via la région V1-V3. Lactobacillus algidus est la principale espèce présente (52% des séquences totales analysées), suivie par Pseudomonas sp. (8,43%) et Photobacterium phosphoreum (7,92%). L'analyse des résultats montre des différences remarquables entre les trois sources commerciales de steak tartare. Les échantillons provenant des deux boucheries et d’un restaurant étaient principalement composés de populations de Lactobacillus et, dans une moindre mesure, de contaminants environnementaux, comme Xanthomonas campestris. Les échantillons provenant de l'un des deux restaurants étaient fortement contaminés par des Leuconostocaceae comme Leuconostoc carnosum ou Weissella sp., ou avec des gamma-protéobactéries comme Pseudomonas sp. ou Psychrobacter sp. Ces derniers échantillons présentaient aussi des signes d’altérations (mauvaise odeur, aspect) qui peuvent ainsi être mis en relation avec la nature et le niveau des populations bactériennes identifiées. Les échantillons provenant des sandwicheries et probablement issues de filières de production industrielles étaient faiblement contaminés mais avec une grande variabilité dans les flores identifiées. Beaucoup d’entre elles ne sont pas classiquement décrites dans les viandes crues et doivent provenir des autres ingrédients. La combinaison du séquençage haut débit couplé à la bioinformatique est désormais un outil puissant pour l’analyse microbiologique des denrées alimentaires. Son application peut être étendue à pratiquement tous les aliments. Enfin, cette technologie ouvre de nouvelles perspectives aux industries agro alimentaires pour améliorer leurs procédés de fabrication, leurs recettes et leurs méthodes de conservation