Etude de la communauté bactérienne de la Baie de Calvi

L’objectif premier de cette étude était de caractériser la communauté bactérienne de la Baie de Calvi, en tant qu’entité fonctionnelle, au moyen d’outils de mesures simples, efficaces et faciles à mettre en oeuvre, dans le cadre plus large d’un projet visant à développer et à valider une série d’outils permettant de mettre en évidence une eutrophisation des eaux naturellement oligotrophes de l’écosystème côtier méditerranéen. Les densités bactériennes, définies par quantification de la biomasse d’ATP bactérien, varient peu au cours de l’année, et sont de l’ordre de 5.0*105 et de 6.0*106 bactéries par ml d’eau libre et d’eau interstitielle, respectivement. L’utilisation combinée de la galerie API 20E et de la plaque de microtitration Biolog GN2 nous a permis de mettre en évidence les activités hydrolytiques susceptibles de dégrader les principaux polymères organiques présents dans l’environnement aquatiques, i.e. les polysaccharides, les protéines et les lipides, et de corréler ces activités hydrolytiques à l’utilisation potentielle des produits monomériques résultant de ces hydrolyses bactériennes. Les niveaux d’activités hydrolytiques et le métabolisme énergétique bactériens présentent une saisonnalité marquée, qui dépend à la fois du régime des températures, de la production primaire (posidonies et phytoplancton) et du renouvellement du stock en nutriments inorganiques et en DOC résultant des forçages physiques et météorologiques. La reminéralisation ultérieure de la matière organique dissoute et particulaire enfouie dans les sédiments est essentiellement assurée par les bactéries sulfatoréductrices et, dans une moindre mesure, par les bactéries ferroréductrices. Cette reminéralisation assure la pérennité de cet environnement productif. Nous n’avons pu mettre en évidence la faible activité dénitrifiante probable associée à la microzone oxique périracinaire des pousses de posidonies. L’utilisation, par les bactéries benthiques, des nombreux acides carboxyliques de la plaque Biolog GN2 est attribuable à l’importante communauté bactérienne sulfatoréductrice qui utilise ces produits de fermentation dans son métabolisme énergétique. Le deuxième objectif de cette étude était de quantifier l’impact d’une lyse éventuelle des microorganismes sur les concentrations en nutriments dosés au moyen d’un skalar (chaîne de dosage colorimétrique des nutriments). La lyse observée, lors du dosage des PO43- et des NO3-, de prélèvements d’eau de mer filtrée et enrichie en Escherichia coli, n’influence que les concentrations en PO43-. Nos résultats ne nous permettent de tirer aucune conclusion avec certitude en ce qui concerne le NH4+. Une approximation théorique, à partir des contenus moyens en N et en P de bactéries marines de milieux naturels, laisse cependant prédire que la libération du contenu cellulaire des bactéries lysées ne peut modifier de manière significative le statut oligotrophe de prélèvements d’eau naturelle.Projet RACE - Rapid Assessment for the marine Coastal Environmen