Rôle du couvre-sol dans le développement du chancre bactérien dans les vergers d’abricotiers

Le genre Pseudomonas, inclut plusieurs espèces de bactéries phytopathogènes, comme les Pseudomonas syringae qui provoque la bactériose, maladie conduisant généralement à la mort des arbres fruitiers. A l’heure actuelle, les moyens de lutte contre P. syringae sont très réduits ou inexistants. Ainsi, des méthodes alternatives ou le rôle de certains éléments comme la présence de réservoirs de la bactérie sont en cours d’étude. Partant de l’hypothèse que le couvre-sol pourrait être une source d’inoculum de P. syringae, l’objectif du stage est de savoir si le couvre-sol joue un rôle dans le développement du chancre bactérien en verger d’abricotier. Les prélèvements de couvre-sol et des feuilles ont été réalisés dans un verger expérimental au domaine de Gotheron dans la Drôme. Tous les échantillons ont été analysés en biochimie (test oxydase et fluorescence), en microbiologie (dénombrement sur milieux TSA et KBC), en biologie moléculaire (PCR, gel d’électrophorèse, séquençage) et en bio-informatique. Ces différentes étapes ont permis de sélectionner les bactéries P. syringae et de déterminer les phylogroupes ainsi que les clades, et de pouvoir comparer les génomes des bactéries. Le couvre-sol en inter-rang dans les vergers d’abricotier comporte en grande majorité des populations du phylogroupe 2. Le phylogroupe 2 comprend plusieurs clades avec des bactéries pathogènes de l’abricotier. L’arbre quant à lui comporte principalement des populations du phylogroupe 1, dont le rôle dans le développement de la maladie reste à préciser. Le couvre-sol ne semble pas jouer un rôle prépondérant dans le développement de la bactériose de l’abricotier.The bacteria from the genus Pseudomonas are vascular, including several pathogenic species as Pseudomonas syringae who cause the bacterial canker. This disease usually lead the fruit trees to death. Currently, the means of fighting against P. syringae are reduced or nonexistent. So, alternative methods or the role of some elements as ground-cover are under study. On the assumption of ground-cover is a source of inoculum of P. syringae, the goal of this internship is to know if the ground-cover play a role in the development of the bacterial canker in Apricot orchards. The sampling of ground-cover and leaves were realized in an experimental orchard in Gotheron (Drôme). All the samples were analyzed in biochemistry (oxidase test and fluorescence), in microbiology (count in culture TSA and KBC), in molecular biology (PCR, electrophoresis gel, sequencing) and in bioinformatics. These different steps allowed to select P. syringae bacteria and to determine phylogroups as well as clades, and to be able to compare the genomes of bacteria. Ground-cover in inter-row in apricot orchard consist in a large majority of phylogroups 2. The phylogroups 2 consist of different pathogenic bacteria for apricot. The trees consist of the phylogroups1, which the goal in the development of the disease must be clarify. So, Ground-cover don’t play a role in the development of the bacterial canker in apricot orchard