Utilisation de SNP pour la cartographie de QTL de croissance, composition de la carcasse et qualité de la viande dans un croisement F2 de lignées de poulet grasse et maigre

Atelier : Génétique, Sélection et Reproduction ; Texte intégral sur CD ROMAtelier : Génétique, Sélection et Reproduction ; Texte intégral sur CD ROMAvailability of the chicken genome brings new possibilities for improving selection. The identification of chromosomal regions (QTL) controlling the traits is a first step to marker assisted selection (MAS). This study aims at using a F2 design produced by crossing INRA divergently selected fat and lean lines and a medium density genetic map (120 microsatellites and 1302 SNP) allowing the study of genomic regions previously not covered. QTL mapping was performed for growth and body composition at 9 weeks, meat quality and some physiological parameters. Two mapping strategies were applied using QTLMap: single-QTL or multi-QTL, the later testing if more than one QTL affecting the same trait could be carried by a same linkage group. These analyses allowed the identification of 93 QTLs, most of them never described in the literature. In details, 69 QTLs were identified by single-QTL analysis and 24 through multi-QTL, illustrating the efficiency of this strategy. One of the most important point for a possible MAS is to identify markers as close as possible from the causal mutations; using a genetic map with 1422 markers has permitted to identify QTLs with reduced interval localizations of 14cM in average compared to the 32cM observed when using only the 120 microsatellites.La disponibilité du génome du poulet ouvre de nouvelles perspectives pour apporter des solutions en sélection. L’identification des régions chromosomiques (QTL) contrôlant les caractères est une première étape vers la sélection assistée par marqueurs (SAM). Cette étude vise à exploiter un dispositif F2 issu du croisement des lignées INRA divergentes pour l’engraissement à l’aide d’une carte génétique de moyenne densité (120 microsatellites et 1302 SNP) permettant d’étudier des régions du génome jusqu’alors non couvertes. La recherche de QTL a été réalisée pour les caractères de croissance, composition de la carcasse à 9 semaines, qualité de la viande et certains paramètres physiologiques. Deux stratégies de cartographie proposées par le logiciel QTLMap ont été utilisées : analyse mono-QTL ou multi-QTL visant à identifier plusieurs QTL portés par un même groupe de liaison et affectant le même caractère. Ces analyses ont permis d’identifier 93 QTL, pour la plupart jamais décrits dans la littérature. Dans le détail, 69 QTL ont été identifiés par analyse mono-QTL et 24 par analyse multi-QTL, illustrant l’intérêt d’utiliser plusieurs modèles. Un élément important dans l’optique d’une SAM est d’identifier des marqueurs aussi proches que possible des mutations causales ; l’utilisation d’une carte génétique de 1422 marqueurs a ainsi permis d’identifier les QTL avec des intervalles de localisation réduits à 14cM en moyenne en comparaison des 32cM observés en utilisant les 120 microsatellites uniquement