DETEKSI MOLEKULER DAN ANALISIS GENETIK VIRUS PENTING PADA TANAMAN CABAI DI DESA PEMATANG DONOK

Sentra pertanaman cabai di Provinsi Bengkulu yang bertempat di Desa Pematang Donok, Kepahiang banyak ditemukan gejala tanaman cabai yang terinfeksi virus, namun belum ada laporan mengenai insidensi penyakit dan jenis virus yang menginfeksi pada pertanaman cabai tersebut. Pengambilan sampel dilakukan dengan metode purposive sampling berdasarkan gejala tanaman cabai yang terinfeksi virus. Deteksi virus menggunakan metode reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) menggunakan primer spesifik Chilli veinal mottle virus (ChiVMV F/R) dan PCR dengan menggunakan general primer Begomovirus (SPG 1/2). Produk PCR Begomovirus dikirim ke First Base, Malaysia untuk dilakukan sikuensing DNA. Data sikuensing dianalisis menggunakan perangkat lunak (Software) MEGA 6 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) untuk konstruksi pohon filogenik. Hasil pengamatan di lapangan ditemukan 10 variasi gejala diantaranya belang, ukuran daun mengecil, pinggir daun melengkung ke atas, belang daun melengkung ke atas tanaman kerdil, belang pucuk daun mengecil, belang pada pucuk, belang pucuk daun keriting, belang permukaan daun tidak rata, belang ukuran daun mengecil, dan belang tanaman kerdil, dengan insidensi penyakit berkisar antara 96.4%- 100% dan ditemukan serangga vektor yaitu kutu daun (Aphis gossypii) dan kutu kebul (Bemisia tabaci). RT-PCR dengan primer spesifik untuk ChiVMV tidak mendapatkan pita DNA target dan PCR menggunakan general primer Begomovirus mendapatkan pita DNA berukuran 912 pb sesuai target primer. Berdasarkan hasil Blastn terhadap runutan sikuen nukleotida dari 3 sampel Begomovirus asal Desa Pematang Donok memiliki kemiripan nukleotida dengan isolat Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) asal Bali dan Jawa yang terdapat di database GenBank, dengan nilai kemiripan nukleotida sebesar 91.77%-98.99%. Kata kunci : Begomovirus, Blast, Cabai, ChiVMV, Gejal