Pancreatic cancer risk and Single nucleotide polymorphisms (SNPs ) in genes involved in telomere length

Il cancro al pancreas ha inizio quando le cellule nel pancreas cominciano a crescere in modo incontrollato. La classificazione delle neoplasie pancreatiche è basata su i loro lineage cellulari: duttale, endocrino, esocrino, degli acini. L’adenocarcinoma duttale pancreatico (PDAC) è la più comune (85%) forma della malattia. Il tumore, solitamente, inizia nella parte interna del pancreas che genera gli enzimi digestivi. PDAC è una malattia tipica di soggetti anziani e raramente appare prima dei 40 anni. PDAC è la settima più comune causa di morte per cancro ed è la quarta più comune causa di morte per cancro in Europa. PDAC generalmente ha una prognosi molto infausta infatti dopo la diagnosi, il 25% delle persone sopravvivono ogni anno e il 5% vive per 5 anni. Ci sono molti fattori di rischio associati a questa malattia: il fumo di sigarette, la pancreatite cronica, il diabete, una elevata assunzione di alcol, e l'obesità. L’intento di questo lavoro era di identificare se ci fosse un’associazione tra polimorfismi collegati alla lunghezza dei telomeri (TL) e il rischio di sviluppare il cancro del pancreas. Oggi è noto che TL è implicata in molti tipi di cancro incluso quello pancreatico. In questo studio abbiamo usato campioni biologici provenienti dal consorzio PANcreatic Disease Research (PANDoRA). Il consorzio PANDoRA è nato dall’unione degli sforzi di diversi gruppi di ricerca; in questo modo è stato creato un vasto database per scoprire nuovi fattori/varianti genetiche riguardo il cancro al pancreas e per migliorare il trattamento di questa malattia. Finora sono stati raccolti più di 2000 casi di adenocarcinoma pancreatico e più di 3800 controlli. Alcuni loci genici sono stati trovati, nella letteratura, come associati con la riduzione di TL: TERT, TERC, NAF1, OBCF1, ZNF208, ACYP2. L’obiettivo di questo studio era di testare la loro associazione con il rischio di PDAC. Per questo studio il DNA genomico è stato isolato da sangue periferico usando il mini kit QIAamp DNA Blood; il DNA dai casi e dai controlli è stato posto in piastre per PCR da 96 pozzetti e poi trasferito in piastre per PCR da 384 pozzetti. Anche i controlli negativi (NTCs) e i controlli qualità (QCs) erano inclusi per verificare la corretta procedura del genotyping. In questa tesi abbiamo usato due specifiche tecniche per genotipizzare gli SNPs selezionati: TaqMan PCR e KASPar SNPs Genotyping System. Le frequenze genotipiche osservate di tutti gli SNPs nei controlli erano stati testati per deviazone dall’equilibrio di Hardy-Weinberg (HWE) usando il test del Chi quadro (χ2). L’associazione tra il genotipo di tutti i polomorfismi e il rischio di PDAC era stimato usando la regressione logistica calcolando gli odds ratios (OR), il 95% di intervalli di confidenza (95% CIs) e i p values. Il più comune allele tra i controlli era assegnato come categoria di riferimento e poi sono stati assegnati i modelli di eredità codominante, dominante e recessivo. Tutte le analisi erano adattate per età, genere e origine geografica. Inoltre abbiamo calcolato, per ogni soggetto, il "teloscore", quindi lo SNP score per stimare la lunghezza telomerica. Abbiamo contato il numero di alleli associati a lunghi telomeri, per ogni SNP e abbiamo aggiunto per stimare il punteggio non ponderato per ogni soggetto. Il punteggio non ponderato può assumere un valore compreso tra 0 e 20 (telomere corto e telomere più lungo rispettivamente). Infine, abbiamo creato il punteggio ponderato, la differenza nella lunghezza del telomere a causa dell'effetto di ciascun SNP, moltiplicando il numero di alleli associati a telomeri più lunghi a ciascun SNP. L’associazione con il rischio PDAC raggiunto nel genoma è significativo (p=2.98x10-9 per il quintile più alto contro quello più basso; p=1.82 x 10-10 come variabile continua). Abbiamo trovato un’associazione significativa tra uno SNP sul gene TERT (che codifica per l’enzima telomerasi) con un incremento del rischio al cancro pancreatico. E’ la più forte dal punto di vista statistico e l’associazione era tra l’omozigote dell’allele minore (A) comparato con l’allele maggiore (C) dello SNP TERT-rs2736100 (OR=1.54 [95% CI 1.35-1.76] p=1.54x10⁻¹º). La seconda miglior associazione era tra l’allele minore A dello SNP NAF1-rs7675998 e il decremento del rischio di PDAC (OR=0.80 [95% CI 0.73-0.88] p=1.87x10⁻⁶, ptrend=3.27x10⁻⁷). Abbiamo osservato in più due segnali che hanno superato la correzione per test multipli, con un modello recessivo di eredità: ZNF676-rs409627 (OR=0.76 [95% CI 0.64-0.91] p=0.003) e ZNF208-rs8105767 (OR=0.69 [95% CI 0.54-0.87] p=0.002). La scoperta di varianti genetiche associate con il rischio di malattia è perciò di massima importanza per definire sottogruppi nella popolazione che sono ad alto rischio di sviluppare la malattia