Infecção pneumocócica invasiva no adulto em Portugal em 2008 e 2009

Tese de mestrado. Biologia (Microbiologia Aplicada). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2011Streptococcus pneumoniae é um microrganismo patogénico do Homem, responsável por elevadas taxas de morbilidade e mortalidade em todo o mundo. A epidemiologia da infecção pneumocócica tem sido fundamental para avaliar a adaptação deste microrganismo à pressão imposta pela vacinação e uso de antibióticos. Esta tese teve como objectivo caracterizar feno e genotipicamente uma colecção de 425 estirpes de pneumococos responsável por infecção invasiva em adultos (18 a 64 anos de idade), em 2008 e 2009, em Portugal. Visto que no período em análise esteve disponível a vacina anti-pneumocócica conjugada 7-valente (PCV7), pretendeu-se ainda comparar estes resultados com os referentes ao período pré-vacinal de modo a avaliar o possível impacto da vacinação das crianças, na população pneumocócica que afecta os adultos. A caracterização fenotípica consistiu na serotipagem e determinação das taxas de susceptibilidade a diferentes classes de antimicrobianos, e a caracterização genotípica consistiu na determinação dos perfis de macrorestrição, obtidos por electroforese em gel de campo pulsado (PFGE), e perfis de Multi Locus Sequence Typing (MLST) e ainda na detecção da presença e distribuição das ilhas de patogenecidade que codificam para os pili tipo 1 (PI-1) e 2 (PI-2). Os serotipos 1, 3, 7F, 14 e 19A foram os mais frequentes, tendo provocado cerca de 50% das infecções. A não susceptibilidade à penicilina e eritromicina foi observada em 16,7% e em 14,6% das estirpes, respectivamente. Os complexos clonais CC306, CC156, CC191, CC62, CC180 e CC230 surgiram em aproximadamente metade das estirpes analisadas por MLST. As ilhas de patogenicidade PI-1 e PI-2 foram identificadas em 13,3% e em 28% das estirpes, respectivamente. Entre o período pré-vacinal e o analisado neste trabalho observou-se uma diminuição significativa da proporção de infecções provocadas pelo serotipo 4, um aumento significativo, para cerca do dobro, da não susceptibilidade à eritromicina e uma emergência de linhagens genéticas pré-existentes.Streptococcus pneumoniae is a human pathogen responsible for high rates of morbidity and mortality worldwide. The epidemiology of pneumococcal infections has been critical to evaluate the adaptation of this microorganism to the pressure imposed by vaccination and antimicrobial use. The aim of this thesis was to characterize pheno and genotypically a collection of 425 pneumococcal strains responsible for invasive pneumococcal disease in adults (with 18 to 64 years old), in 2008 and 2009, in Portugal. A pneumococcal 7-valent conjugate vaccine (PCV7) was available in this period and so, this thesis also aims to compare these results with the ones obtained in the pre-vaccine era, to evaluate the possible impact that vaccinating children with this vaccine might have had in the adult pneumococcal population. Phenotypic characterization consisted in serotyping and in antimicrobial susceptibility profiling of the bacterial isolates, while the genotypic characterization consisted in the determination of the macrorestriction profiles, obtained by Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), and Multi Locus Sequence Typing (MLST) profiles and also in the detection of the presence and distribution of the pathogenecity islands that encode pilus like structures, PI-1 and PI-2. Serotypes 1, 3, 7F, 14 and 19A were the most frequent, being responsible for almost 50% of all infections. Penicillin and erythromycin non-susceptibility were detected in 16,7% and 14,6% of the bacterial isolates, respectively. Clonal complexes CC306, CC156, CC191, CC62, CC180 and CC230 appeared in almost half of strains analyzed by MLST. Pathogenicity islands PI-1 and PI-2 were identified in 13,3% and 28% of all isolates. Between the pre-vaccine period and the one analyzed in this study, the proportions of serotype 4 infections have significantly decreased, erythromycin non-susceptibility has significantly doubled, and an emergence of the already existent genetic lineages occurred