Epidemiologia molecular da infecção por VIH/SIDA, em Angola

Tese de mestrado, Doenças Infecciosas Emergentes, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2011Segundo a Organização Mundial da Saúde (OMS), estima-se que, no Mundo, em 2008, viviam 33,4 milhões de pessoas infectadas por VIH. A África sub - sariana, continua a ser a região mais afectada pela epidemia, tendo 22,8 milhões de infectados. O primeiro caso de sida, em Angola, foi diagnosticado em 1985 e até ao primeiro semestre de 2009 foram notificados 48.651 casos de infecção por VIH (64). A prevalência ronda os 5,0 %, em 16 milhões de habitantes, mas nas zonas fronteiriças com a República do Congo (Kinshasa), Zâmbia e Namíbia pode atingir os 10,0 %. O objectivo do presente trabalho é: a) determinar o perfil epidemiológico, demográfico, clínico e imunológico dos indivíduos em estudo, b) estudar a diversidade genética de VIH em Angola, assim como investigar a frequência e distribuições de polimorfismos na protease (PR) e na transcriptase reversa (TR) associados à resistência aos anti-retrovíricos, nos indivíduos não tratados. As 219 amostras foram recolhidas dos 302 indivíduos infectados por VIH-1, no Hospital da Divina Providência, em Luanda, de Setembro de 2008 a Janeiro de 2009. Para o presente estudo foram recrutados 57 indivíduos, cujos critérios de inclusão seguiram algumas das recomendações da OMS, para este tipo de trabalho. Cento e cinco sequências foram realizadas, 57 da proteína PR e 48 da TR no gene pol, usando um método in-house. O perfil epidemiológico, clínico, demográfico e imunológico da população estudada é caracterizada, maioritariamente por pertencerem ao sexo feminino (67,5%), com média de idades de 31 anos, a via de transmissão predominante foi a heterossexual (86,8%) e a maior parte estava em estado avançado de doença. A análise filogenética das sequências revelou uma elevada heterogeneidade genética de VIH-1 em Angola. Foram detectados vírus de todos os subtipos pertencentes ao grupo M e 5,3% a subtipos não classificáveis. A análise filogenética das sequências revelou que, somente, 16 (37%) indivíduos albergavam vírus de um único subtipo (subtipo puro). Os restantes indivíduos (n=30, 65%) estavam, na sua maioria, infectados por vírus recombinantes, incluindo formas recombinantes circulantes (CRFs) e outros recombinantes. Um doente (d94) estava infectado por um isolado não tipável (U). O subtipo mais prevalente na PR foi o G (n=12; 21%) seguido do D (n=7; 13%) e C (n=6; 11%). Na TR os subtipos mais prevalentes foram o A, C e F1 todos presentes em cinco indivíduos (10%). Sequências não tipáveis foram detectadas em seis (11%) indivíduos na PR e quatro (8%) indivíduos na TR. Vinte e quatro indivíduos estavam infectados por vírus contendo PRs e TRs pertencentes a diferentes subtipos, a vírus não tipáveis ou a CRFs. O recombinante deste género mais frequente foi o G/U que estava presente em três indivíduos (13%). A CRF mais prevalente foi a CRF02_AG tanto na PR (n=5; 9%) como na TR (n=5; 10%), seguida da CRF01_AE (PR - n=4; 7%; TR - n=4; 8%). Detectaram-se oito (14%) indivíduos, potencialmente, infectados com vírus recombinantes constituídos por CRF01_AE na PR ou na TR. De salientar que 13 (54%) destes indivíduos albergavam recombinantes de 2ª geração, ou seja, vírus que resultam da recombinação entre um CRF e um vírus de um subtipo puro ou um vírus não tipável (U). A análise das sequências na base de dados de Stanford para as mutações de resistência, inequivocamente, associadas com a transmissão de vírus resistentes aos anti-retrovíricos revelou que, não obstante a presença de numerosos polimorfismos invulgares na PR e TR, nenhum dos indivíduos estava infectado por este tipo de vírus.According to the World Health Organization in 2008 an estimated 33,4 million people were infected with HIV. Sub-Saharan Africa continues to be the region with the most infected by the epidemic with 22, 8 million infected. The first case of aids in Angola was diagnosed in 1985 and until the first semester of 2009 forty eight thousand six hundred and fifty cases of HIV/aids (64) were notified. The spread is around 5, 0% in 16 million inhabitants although in the neighboring borders of the Congo Republic (Kinshasa), Zambia and Namibia it can hit 10, 0 %. The objective of this project is to determine the epidemiological, demographical, clinical and immunological profile of the individuals under case study. Explore the genetic diversity of HIV in Angola as well as investigate the frequency and distribution of polymorphisms in protease PR and in reverse transcriptase TR associated to the resistance to ARV, in non treated individuals. The 219 samples were collected from HIV 1 infected individuals 302 from the Hospital of Divine Providence in Luanda in September of 2008 to January of 2009, for the present study 57 individuals were included following the WHO recommendations‟ for this type of study. The samples of the 57 individuals were genotopically analysed to determine their subtype and the profile potential to the resistance to ARV using the in house method one hundred and five sequences were done (57 protein PR and 48 TR) in the Pol gene. The profile epidemiologist, clinical, demographic and immunologic of the studied population were characterized were mostly by the feminine sex (67.5%), with average of age of 31 years, the way of predominant transmission was heterosexual (86.8%) and most was in advanced state of imunossupressão. The phylogenetic sequential analysis revealed highly heterogeneity of HIV-1 Angola. That study revealed all subtypes belonging to group M. The phylogenetic sequential analyses revealed that only 16 (37 %) patients had the virus of only one subtype pure subtype the remaining patient (30, 65 %) were mostly infected by recombinant virus including circular recombinant forms CRFs. One patients (d94) were infected by classification was not possible sequences (U). The most prevalent subtype in PR was the G (12; 21%) followed by D (7; 13%) and C (6; 11%).The prevalent subtypes were A, C e F1. All present in 5 patients (10%). Unclassified sequences were detected in 6 (11%) patients in PR and 4 (8%) patients in TR. Twenty four patients were infected with the virus containing PRs and TRs belonging to different subtypes, unclassified virus or CRFs. The CRF most prevalent was CRF02_ AG both in PR (5 patients, 9%) and TR (5; 10%) followed by CRF01_AE [PR: 4; 7%; TR: 4; 8%]. In this study we detected 8 (14%), potentially infected patients with recombinant virus made of CRF01_AE in PR or TR. It is to point out that 13 (54%) these patients lodged/possessed/had recombinant virus of second generation ,that is, that result of recombination between one CRF and a virus a pure subtype or one unclassified virus. The sequential analyses of the Stanford data base for the resistant mutations unequivocally associates with the transmission of resistant viruses to the ARV revealed that notwithstanding the presence of numerous unusual polymorphisms in PR and TR, none of the patients were infected with this type of virus.Fundação Glaxo Smithkline das Ciências da Saúd