Tuberculose na Grande Lisboa : análise molecular de estirpes de Mycobacterium tuberculosis

Tese de mestrado em Microbiologia Clínica, apresentada à Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa, 2008Portugal é o país Europeu com a maior incidência de tuberculose (TB) 108, tendo-se verificado que a maioria dos casos de tuberculose multirresistente (TB-MR) se encontra na região de Lisboa 45. Existem inúmeros factores de risco para a transmissão da infecção por Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) 42, 49, 113, 115 mas, em Portugal, são ainda poucos os estudos que avaliam a frequência de transmissão e características genotípicas de resistência. Nesse sentido, pretende-se efectuar um estudo sobre a diversidade genética das estirpes de M. tuberculosis que circulam na região de Lisboa. Verificou-se que existe uma grande taxa de agrupamento (clustering), sugerindo que determinadas estirpes são prevalentes, mas nem sempre se conseguiram obter ligações epidemiológicas entre os doentes. Verificou-se também que uma família de estirpes, Família Lisboa, previamente identificada 84, 85, encontrase disseminada por toda a região e é responsável pela maioria dos casos MR. Dada a importância da TB-MR no nosso País e, em particular, na região de Lisboa, procedeu-se também à caracterização dos genes e principais mutações responsáveis pelos fenótipos MR. Esta análise permitiu verificar que as nossas estirpes são diferentes da maioria das estirpes que circulam na Europa. Na realidade, as mutações prevalentes associadas à resistência à Isoniazida (INH) apareceram no gene inhA, e não no gene katG, contrariamente ao que está descrito na maioria dos estudos. Tal como era esperado, as mutações associadas à resistência à Rifampicina (RIF) encontram-se associadas ao gene rpoB. Recentemente surgiram novas estirpes de TB-MR que mutaram para formas mais resistentes, definindo-se a TB extensivamente resistente (TB-XDR). Assim, procedemos à caracterização de todos os casos MR. Verificámos que mais de 50% do total dos casos eram também XDR, número extremamente elevado comparativamente a outros valores Europeus 16. Por outro lado,Portugal is the European country with the highest incidence of tuberculosis108. At the same time, most multidrug resistant tuberculosis (MDR-TB) cases are found on the region of Lisboa 45. There are numerous risk factors already described for the transmission of Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) infection 42, 49, 113, 115 but in Portugal, there are still very few studies evaluating the infection's transmission frequency and genotypic characteristics. We therefore intend to conduct a study on the genetic diversity of M. tuberculosis strains circulating in the region of Lisbon. We have verified that there is a high clustering rate, suggesting that certain strains are prevalent, but it was not always possible to find epidemiological connections between the patients. It has also been verified that a certain family of strains, family Lisboa, previously identified 84, 85, is disseminated throughout the region and is responsible for the majority of MDR cases. We have also intended to determinate which were the genes and the main mutations responsible for MDR phenotypes. This analysis has allowed us to verify that our strains differ from most strains circulating in Europe. In fact, the prevalent mutations associated with Isoniazide (INH) resistance have appeared in gene inhA, and not in gene katG. Mutations associated with Rifampicin (RIF) resistance are predominantly found on rpoB gene. Recently, new strains of MDR-TB have appeared, that have mutated to even more resistant forms: extensively resistant tuberculosis (TB-XDR). We have therefore proceeded to characterize our MDR cases concerning XDR. We have verified that over 50% of the total of cases was also XDR, an extremely high number comparing to other European values 16. On the other hand, we have analysed the genes responsible for the XDR phenotype, rpoB, gyrA and gyrB genes, in order to establish genetic markers for the rapid detection of XDR-TB