Studie av tarmflorans sammansättning och årstidsvariation i grovtarmen hos travhästar med grovfoderdiet

Syftet med projektet var att undersöka årstids- och den individuella variationen av normala tarmfloran hos travhästar utfodrade med en grovfoderdiet. Hästar är grovtarmsjäsare med ett komplex mikrobiellt ekosystem anpassat för betning av foder med högt fiberinnehåll och lågt energiinnehåll. För att i framtiden kunna veta och jämföra hur olika fodermedel påverkar och förändrar det mikrobiella ekosystemet i hästens mag- och tarmkanal är det av intresse att även veta hur ekosystemet ser ut hos hästar utfodrade med ett naturligt anpassat foder. En större förståelse om hästens biologi och tarmflora är väsentligt att veta för att undvika och behandla tarmsjukdomar. Från 16 stycken hårt tränade travhästar har träck- och foderprov samlats under ett helt år. Vid 9 tillfällen har prover analyserats från alla 16 hästar för att studera mikrobiotans årstidsvariation samt vid 3 tillfällen för 4 av hästarna har prover samlats in under tre efterföljande dagar och analyserats för att studera mikrobiotans dagsvariation. Foderprov har analyserats från 6 tillfällen. Prover togs från hästarnas träck och DNA extraherades, 16S genen amplifierades med PCR (Polymeras kedjereaktion) och T-RFLP (Terminal- Restriction Fragment Length Polymorphism) i kombination med kloning och sekvensering användes för att analyserades bakterieflorans profil. Resultatet från sekvenseringen visar att väldigt få bakterier från träckproverna tidigare var beskrivna i de använda databaserna. Sekvensdatan dominerades av sekvenser klassificerade som Firmicutes med 61 % följt av Bakteroidetes med 32 %. T-RFLP i kombination med kloning och sekvensering dominerades av bakterierna Prevotella och Clostridiales. Resultatet från T-RFLP analysen visade inte någon klustring mellan individerna. Däremot verkade det finnas likheter som tyder på en skillnad i mikrobiotan mellan årstiderna. Denna skillnad tyder på en utveckling av tarmfloran alternativt att tarmfloran förändrats till följt av det gräs hästarna fått i sig under sommarhalvåret.The purpose of this study was to investigate the seasonal and individual variation of the normal gut flora of trotting horses fed a forage diet. Horses ferment fiber in the large intestine and have a complex microbial ecosystem adapted for grazing high fiber and low energy diets. To eventually be able to learn and compare how different feeds affect and alter the microbial ecosystem in the horse's digestive tract it is good to know how the ecosystem functions in horses fed a natural feed. A greater understanding of the horse intestinal flora and biology is essential to know to prevent and treat intestinal diseases. From 16 hard trained trotting horses have faeces and feed samples been collected over an entire year. Nine occasions for all 16 horses were analyzed to investigate the seasonal variation, and three times for four horses were analyzed for daily variation of the microbiota. In addition, duplicates were taken from six fecal samples. DNA was extracted from faecal and feed samples, the16S gene was amplified by PCR (polymerase chain reaction) and T-RFLP (terminal restriction fragment length polymorphism) in combination with cloning and sequencing was used to analyze the profile of the microbiota. The results of sequencing from faecal samples shows that very few bacteria were recognized from the available databases. Sequence data were dominated by sequences classified as Firmicutes with 61 % followed by Bacteroidetes with 32 %. T-RFLP, in combination with the cloning and sequencing dominated by bacteria Prevotella and Clostridiales. The result could not show any similarity between individual patterns. However, there appear to be similarities that suggest a difference between seasons. This difference suggests either a development of the intestinal flora or a dietary induced change in the intestinal flora followed by the grass horses have been eating during the summer